El Agar está compuesto principalmente por D - galactosa, 3-6 anhiro - L - galactosa, sulfatos y ácido pirúvico; a veces 6 - 0 metil - D - galactosa y ácido urónico entran en su composición. La Agarosa está constituida por unidades alternadas de ß-D - galactopiranosa unión 1,3 y 3,6 anhiro-L galactopiranosa unión 1,4.

La fracción más altamente sulfatada, Agaropectina, es más variable en su composición, pero básicamente tiene la estructura de la Agarosa con grupos ésteres sulfatados en algunas unidades del polisacárido.

Referente al peso molecular del Agar, se estima que es de aproximadamente 3.000 a 160.000, dependiendo esto del tipo de coloide.